Uma organização maléfica, o Reino das Trevas (Dark Kingdom), começara a causar problemas na Terra. Liderado pela Rainha Beryl, que servia Metalia, o seu objectivo era roubar a energia dos terrestres e encontrar o Cristal Prateado (Ginzuishou), de poder desconhecido, mas poderoso. Face a isto, Luna, uma gata com aparência de peluche, procurara por Usagi Tsukino, para a informar de que ela era uma guerreira navegante, a Sailor Moon, e que teria de fazer frente aos novos inimigos. Usagi é uma rapariga de 14 anos, muito expressiva e com uma personalidade bastante densa. Tem por ídolo a famosa cantora Minako Aino, que é a também famosa Sailor V, uma aliada da justiça. Usagi chegara até, a ser salva por ela. Em relação à escola, é muito desleixada, chegando todos os dias atrasada.

Quando Luna dá conta a Usagi dos graves acontecimentos e da sua missão, esta não acredita a princípio, nem estará muito confiante. Assim, Luna é obrigada a procurar as outras navegantes, descobrindo logo Ami Mizuno, a Sailor Mercúrio, colega de turma de Usagi, bastante aplicada e um pouco distante dos colegas. Depois será a vez de Rei Hino, a Sailor Marte, guardiã do Templo de Hikawa, com uma personalidade bastante forte e independente. Mais tarde será a vez de Makoto Kino, uma recém-chegada à escola e turma de Usagi, que tinha fama de “Makoto-rapaz” e de ser um pouco violenta. As três raparigas estavam acostumadas a estarem sozinhas, sem amigos, e ao início serão um pouco distantes entre si, no entanto, Usagi, sempre preocupada com os outros e bem-disposta, fará com que isso se modifique.

O objectivo das navegantes era descobrirem a sua princesa e impedirem o Reino das Trevas de obter o Cristal Prateado. Enquanto isso, Luna procurava informações acerca de Sailor V, que tinha por guardião Artemis, pois julgava que esta poderia ser a princesa, uma vez que fora a primeira a despertar como navegante. Nas batalhas, contavam com a ajuda do misterioso Tuxedo Kamen, que era Mamoru Chiba, figura pela qual Sailor Moon se apaixonara. Este procurava igualmente o Cristal Prateado, tendo desde logo a desconfiança por parte de Luna e das restantes guerreiras. Sailor V, chegará a dizer a Sailor Moon para se afastar de Tuxedo Kamen, mas esta, apesar de ficar pensativa com tais palavras, queria descobrir a identidade secreta do seu misterioso ajudante. Usagi chegara a considerar até, a hipótese de ser Motoki, o gerente da loja onde as navegantes tinham a sua sala de reuniões, que era amigo de Mamoru, com quem Usagi se dava bastante mal. Por esta altura, o Reino das Trevas tem três generais  ao serviço, sendo que Zoicite tinha sido o último a renascer.

Zoicite tinha um comportamento bastante diferente dos outros generais, Jedite e Neflite, que possuíam uma grande rivalidade entre si, na conquista do afecto da Rainha Beryl. O Reino das Trevas começará a procurar Sailor V, em busca do Cristal Prateado, pois desconfiavam que esta poderia ser a princesa das navegantes, detentora do dito cristal. Nessa mesma altura, Minako Aino é hospitalizada, e recebe a visita de Usagi e Makoto, depois de uma confusão nos corredores. Minako era a única das guerreiras que tinha a sua memória completamente recuperada da vida anterior, e sabia que teria de lutar sozinha e proteger o Cristal Prateado e a Princesa da Lua. Decide por isso passar-se pela princesa, para desviar a atenção da verdadeira: Sailor Moon. 

Com efeito, Sailor V decide revelar a sua identidade de Sailor Vénus e de princesa às restantes guerreiras, numa batalha contra o inimigo. A partir daqui aparecerá sucessivamente nas batalhas. Com a chegada de Kunzite, o último dos quatro generais, a situação complica–se.  Tuxedo Kamen salvará Usagi de uma situação perigosa, mas a desconfiança das navegantes em relação a este, permanecerá. Usagi será a única a confiar em pleno no seu salvador, ao mesmo tempo que a sua relação com Mamoru se fora aproximando. Passarão algum tempo juntos, até que um dia, Usagi o vê com uma rapariga, a sair do seu apartamento. Makoto tentará ajudar a amiga, que ficara bastante abalada, e descobre que essa rapariga, Hina, era na verdade noiva de Mamoru. O pai desta criara-o desde a infância, e ambos haviam crescido juntos. Makoto, depois de muito hesitar, acabará por contar a Usagi. Enquanto isso, Marte descobre a identidade de Vénus, tentando descobrir por si as misteriosas acções da mesma. Ambas tinham uma relação um pouco conflituosa e Vénus chega a repreender a colega por ter deixado escapar um demónio.

O poder das guerreiras ainda estava adormecido, e Rei decide concentrar-se e lutar sozinha contra o inimigo. Surpreendido com o desempenho das navegantes em batalha, Kunzite, que desejava no fundo ter a energia da Metália para si, decide tornar Mercúrio afecta à sua causa, tornando-a fiel ao Reino das Trevas. Mesmo não querendo, as guerreiras teriam de lutar, agora, contra a colega e amiga. Por seu lado, Zoicite, consciente das suas memórias da vida anterior, em que os quatro generais serviam o Príncipe da Terra, Endymion, que era Mamoru, tentará chamá-lo para si através da sua música, pois não desejava que a Terra passasse pela mesma calamidade de outrora. No entanto, terá a resistência por parte de Kunzite, que apesar de saber de tudo, ignorava tais memórias.

Por essa altura, Sailor Moon descobrirá a verdadeira identidade de Tuxedo Kamen, ao mesmo tempo que Hina descobre que Mamoru não a amava. Apesar de tudo, este promete ficar com ela, durante o tempo que ela quisesse. No entanto, apercebendo-se do amor de Mamoru por Usagi, Hina decide acabar com tudo. Na batalha, Jedite alia-se a Kunzite, que já desconfiava que Vénus não fosse a verdadeira princesa, e prepara uma emboscada para as navegantes, participando também Mercúrio. Vénus sabia que não iria conseguir manter o disfarce por muito mais tempo, e quando Tuxedo Kamen é gravemente ferido, Sailor Moon, desesperada, acaba por se transformar em Princesa Serenidade, assumindo a sua verdadeira forma.

Nas suas lágrimas aparecerá o Cristal Prateado, que cura de imediato Tuxedo Kamen e faz as navegantes recuperarem totalmente as suas memórias do passado, em que o amor proibido da Princesa da Lua, Serenidade e do Príncipe Endymion, da Terra causara a destruição deste planeta.Usagi e Mamoru não poderiam ficar juntos.  A aparição do Cristal Prateado teve diversas consequências. Demonstrou a sua ligação com a Rainha Metália, que aumentou o seu poder, mas criou uma nova guerreira, Sailor Luna, que tendo ficado exposta ao cristal, ganhara a habilidade de se transformar em humana e de ajudar as navegantes. O feitiço lançado sobre Mercúrio ficará mais fraco, também, até que é quebrado definitivamente numa batalha que realiza contra Sailor Moon, em que a ferira gravemente.Entretanto aparece Mio Kuroki, que mais tarde se vem a descobrir que é a sombra de Beryl, uma rapariga que fora transferida para a turma de Usagi e que era uma cantora famosa, sendo uma espécie de rival de Minako. Rapidamente se familiariza com Usagi, tentando descredibilizar a sua imagem junto dos amigos.

O poder da Metália continuará a aumentar, começando a aparecer demónios por toda a cidade. Ao mesmo tempo, Mamoru encontra-se diante dos seus antigos guardiães, levado por Zoicite, e será alvo da aproximação de Mio. Beryl desejava ter Edymion para si uma vez que fora apaixonada por ele no passado. Usagi e Mamoru decidem ficar juntos, apesar da reprovação de todos. No entanto, a reacção mais reprovadora virá por parte de Vénus que se aliará temporariamente a Zoicite, na separação dos dois, para que os erros do passado não voltassem a ser cometidos. Minako dedicará a sua vida presente em função da passada, colocando para trás a sua carreira de cantora, e até a sua saúde, que se encontrava cada vez mais frágil. Apesar dos desejos de Usagi, a Rainha Beryl acabará por ficar com Mamoru, fazendo-o saber de toda a verdade da vida anterior. Graças a isto, Usagi acaba por se transformar em Princesa Sailor Moon, bastante poderosa, mas com uma personalidade diferente. Determinada e triste por não ter Endymion consigo, esta considera que não vale a pena existir um mundo sem o seu amado. Usagi iria viver, assim, uma dualidade de personalidades. Se não controlasse os seus sentimentos de tristeza, revolta e angústia, revelaria em si alguém com uma personalidade poderosa e determinada em encontrar o seu amado, disposta a tudo. Esse facto não seria benéfico, nem para as navegantes nem para o Reino das Trevas, e Usagi irá, assim, realizar um árduo treino de controle dos seus sentimentos mas nem sempre conseguirá conter-se. 

Na sua forma de Príncipe Endymion e consciente de todo o passado e de que os dois deveriam estar separados, Mamoru declara guerra a Usagi, mas esta no entanto não mudará os seus sentimentos. Entretanto descobrira a verdadeira identidade de Vénus. Com a sua imagem junto da Rainha Beryl bastante descredibilizada, Nephlite acabará por ser expulso e reduzido à condição de ser humano, sem quaisquer poderes. Acaba por ir trabalhar para a loja de Motoki, dando-se bastante mal ao início. O poder da Rainha Metália, e consequentemente dos demónios continuava a aumentar progressivamente. Até os objectivos da Rainha Beryl acabarão por ser ultrapassados pela energia da Metália, começando a ficar fora de controlo. Igualmente, por diversas vezes, Usagi acabaria por se transformar em Princesa Sailor Moon. Numa batalha, chegara a ferir Sara Tavares (Naru Osaka), a sua colega e amiga de turma, que se aproximara bastante, e que recentemente havia descoberto as identidades de Sailor Moon e de Júpiter, juntamente com Motoki. Makoto e Motoki haviam-se aproximado cada vez mais, nos últimos tempos.Zoicite continuava deter minado a servir Príncipe Endymion, e tentará despertar a consciência de Jedeite, que continuava a cumprir as ordens da Rainha Beryl, mas acaba por ser impedido por esta. Mais tarde, estando a defender Sailor Moon, acaba por ser morto por um demónio. 

Entretanto, a saúde de Minako estava cada vez mais frágil, e teria pouco tempo de vida, mas apesar da repreensão de Artemis e Marte, que declara que em nada está interessada na vida passada, decide continuar a lutar, não querendo se sujeitar à operação, que era a única hipótese que tinha de se salvar. Ao mesmo tempo, Minako apercebe-se que deixara de se conseguir transformar, numa luta importante, em que o demónio estava possuído pela Metália. A batalha fora complicada, onde Luna e Mercúrio nada puderam fazer, e Júpiter, sensibilizada com a decisão de Minako em dedicar toda a sua vida em função do passado, tenta até um ataque suicida. Vénus, apesar de ser a líder, fora a última a despertar todos os seus poderes. O gesto de Júpiter fê-la reflectir sobre a sua obsessão da vida passada, e decide realizar a operação, no entanto, apesar de tudo, no último momento decide não a fazer. Apesar de procurarem, as navegantes não a conseguirão encontrar.

Numa tentativa de acabar com tudo, Endymion selará Metália dentro de si, ao mesmo tempo que Beryl perdera os seus poderes de controlar o mundo. Endymion teria em vista, em último caso, morrer com a Metália dentro de si e desta forma Kunsite, lembrando-se que Endymion tinha dito aquelas mesmas palavras no passado, e que tudo acabara mal, lutará juntamente com Jedeite contra o príncipe, acabando por ser morto. As suas últimas palavras dirigiram-se para Jedeite, dizendo que o seu verdadeiro mestre era o Príncipe da Terra. Endymion acabará por perder o controlo sobre si, dando-se início à batalha contra a Rainha Metália. Bastante poderoso, matará desde logo Mio Kuroki, e lutará em seguida contra Sailor Moon, Mercúrio, Marte e Júpiter. A batalha parecia perdida, até que a consciência de Mamoru diz a Sailor Moon para o matar. Usagi sabia que era a única solução, e apesar das amigas tentarem impedi-la, esta acaba por matar Endymion, e consequentemente a Rainha Metália. Mais tarde, estando nos domínios do castelo da Rainha Beryl, Sailor Moon dá conta daquilo que fizera, e em desespero, de imediato se transforma em Princesa Sailor Moon. Esta não vê qualquer razão para a própria e o planeta Terra existirem, e prepara-se para destruí-lo.

Determinada a impedir a princesa de fazer tal coisa, e sabendo que Usagi jamais o quereria fazer, Ami decide lutar com todas as suas forças contra a princesa. Makoto e Rei juntam-se a ela, numa batalha em que confrontaram os próprios soldados da Princesa Sailor Moon. Enquanto a Terra estava a ser destruída, a Rainha Beryl desiste de tudo e retira o feitiço que ainda detinha sobre Jedeite, aconselhando-o a fugir. Contudo este decide ficar a seu lado. Apesar da luta, tudo aquilo que mais se receava acaba por acontecer. O Cristal Prateado destrói a Terra, aparecendo apenas a Princesa Sailor Moon, com a consciência de Usagi. Diante de si, Endymion diz-lhe que ainda poderia usar o Cristal Prateado, desta vez para fazer reviver todo o planeta, mas a sua vida seria sacrificada. Assim, a Terra fora completamente reconstruída. A vida de cada uma das navegantes voltara a ser como dantes, mas algo as faz lembrar de Usagi. As lembranças de Ami, Rei, Makoto e Minako fazem Usagi reviver, enquanto que as dos quatro generais farão o mesmo por Mamoru. Os dois voltarão para a Terra, e Usagi reencontra-se com as amigas. 

Tendo a Terra voltado ao normal, Usagi e Mamoru decidem casar-se. No entanto, sem se saber como, Mio Kuroki volta dotada de um grande poder e estava decidida a ser a própria a casar-se com Mamoru, para governar a Terra. As navegantes tentaram transformar-se, mas não o conseguiram fazer, sendo obrigadas a procurar a Espada Mística (menos Rei, que fora gravemente ferida), para lutarem por uma última vez. Enquanto isso, Mamoru e Usagi foram raptados e levados para o palácio de Mio, mas ao conseguirem escapar, são perseguidos por demónios. Para os salvarem contarão com a ajuda dos guardiães de Mamoru. Após serem vencidos os demónios, Mio assume a liderança da batalha, mesmo antes de Mercúrio, Júpiter e Vénus chegarem. As guerreiras farão o ataque conjunto do Planeta das Navegantes, acabando por vencer. Tendo a paz voltado à Terra, finalmente Usagi e Mamoru puderam casar-se, partindo em seguida de viagem.